全面营改增后，增值税不同的计征方式直接对商业保理公司运营成本构成重大影响，但因商业保理行业的增值税计征政策尚未明确，致使商业保理公司对展业过程中的税负缺乏准确预期，面临因税负不确定引发的经营风险。对于部分商业保理展业形态而言，增值税的计征政策直接关乎其商业模式是否可以持续。
在商业保理公司及业务规模均放量增长的同时，《营业税改征增值税试点的通知》下发并实施，商业保理业务如何缴纳增值税也成为全行业的焦点问题。营改增前，商业保理公司以其从事传统融资性保理取得的预付款融资利息收入按照5%缴纳营业税，部分地区实行差额纳税，即传统融资性保理业务营业收入按照“金融业-贷款”税目缴纳营业税，应纳税营业额为商业保理公司申报期内取得的预付款融资利息收入减除支付给金融机构的贷款利息后的余额，例如深圳前海。
营改增后，商业保理业务按照6%缴纳增值税，但因其属于新兴行业且保理业务持续创新，国家并未出台相关细则明确保理业务的增值税缴纳方式，部分主管税务机关允许商业保理公司按“金融服务-金融商品转让”税目差额缴纳增值税，另有部分主管税务机关仍按传统保理业务要求商业保理公司按“金融服务-贷款服务”税目全额缴纳增值税。
目前，商业保理业务按“金融服务-金融商品转让”税目差额缴纳增值税，抑或按“金融服务-贷款服务”税目全额缴纳增值税，成为影响全行业运营成本乃至盈利模式的重大问题。
商业保理业务增值税差额纳税抑或全额纳税实质上是税目适用问题，而税目适用问题必须要回归到业务本身的商业实质层面进行分析，任何一刀切的做法显然都不符合我国税法所秉承的“税收中性”和“实质课税”原则。唯有根据保理业务模式区分适用增值税税目和计征方式，才有利于保理行业自身的健康发展和持续发挥保理行业作为中小企业融资媒介的类金融服务效能。
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